Enligt ett memo som skickades till personalen på tisdagen sade vd Tobi Lütke att uppsägningarna är nödvändiga eftersom konsumenterna återupptar gamla shoppingvanor och drar ned på onlinebeställningarna som var det som drev bolagets tillväxt.
Shopifys vd trodde att den stigande tillväxten i e-handelsförsäljningen skulle hålla i sig efter att pandemin hade tagit slut.
"Det är nu uppenbart att satsningen inte lönade sig. I slutändan var det mitt beslut att göra denna satsning och jag fick fel", sade Lütke i ett brev som Wall Street Journal har tagit del av.
Aktien faller med nära 12 procent i förhandeln i USA. Sedan toppen i november förra året är aktien ned nästan 80 procent.