Det justerade rörelseresultatet var 113,7 miljoner dollar (6,4).
Nettovinsten uppgick till 36 miljoner dollar (-28,7).
Justerat resultat per aktie var 1,05 dollar (0,1).
Till följd av osäkerheterna i samband med coronapandemin ger Shopify ingen prognos för det tredje kvartalet eller helåret 2020.
Shopify har under kvartalet märkt av coronapandemins effekter i form av ett accelererande skifte mot e-handel, antalet nya butiker som startades på Shopifys plattform steg med 71 procent.
Shopifys aktie handlas för närvarande upp 10,7 procent i förhandeln.