Trots detta använde Pentagon-anställda tjänsten i minst två dagar innan myndigheten började begränsa åtkomsten.
Deepseek har snabbt tagit sig upp till förstaplatsen på Apples app-butik, vilket fått Trump att varna amerikanska teknikföretag om den växande konkurrensen från Kina.
Marinen i USA har tidigare förbjudit användningen av Deepseek, den kinesiska AI-utmanaren som nyligen lanserades, enligt CNBC:s källor.
Tidigare idag blev det känt att Deepseek blockerats i Italien på grund av datasäkerhetsskäl.
Deepseek har skapat oro på aktiemarknaden och bland amerikanska teknikföretag efter att ha presterat väl i tester jämfört med AI-modeller från Meta och OpenAI, trots betydligt lägre utvecklingskostnader.