Hotet bestod i att skrota finansieringen ifall Harvard inte genomför förändringar som att göra om i styrningen och skrota program för mångfald, rättvisa och inkludering.
"Även om vissa av de krav som regeringen har ställt syftar till att bekämpa antisemitism, representerar majoriteten en direkt statlig reglering av de 'intellektuella förhållandena' vid Harvard", uppger skolan i ett uttalande.
Bara timmar efter universitets uttalande svarar presidenten med att frysa 2,2 miljarder dollar i fleråriga bidrag till Harvard.